Tras su visita al presidente de Colombia el Papa se desplazó hasta la Catedral de Bogotá. Allí puso un ramo de flores a los pies de la patrona del país, la Virgen de Chiquinquirá, cuya imagen fue traída desde Boyacá, a más de 100 kilómetros al norte de la capital. Es la décima ocasión en la que esta imagen sale de su santuario.
El Papa, como en otras ocasiones, se detuvo en silencio durante casi 10 minutos rezando ante ella.